清华大学环境科学与工程系，其历史最早可追溯到二十世纪二十代， 1928 年，清华理学院附设的土木工程学系卫生工程组，就是环境系的前身； 1977 年，我国第一个环境工程专业在清华大学诞生； 1984 年，正式设立环境工程系， 1997 年更名为环境科学与工程系。经过几代环境人的奋力开拓，清华大学环境系已经成为我国环境科学与工程专业的人才培养基地和科学研究中心。在全系 80 余名教职工当中，有教授、研究员 24 人 ( 包括中国工程院院士 2 人 ) ，副高职称 31 人，有 49 人拥有博士学位。
目前，环境科学与工程系在校本科生 370 人，硕士研究生 190 人，博士研究生 130 人；设有环境工 程 博士后流动站，在站博士后达 50 余人，此外，还有工程硕士 90 余人。 20 多年来，为国家输送了大量本科生、硕士生 和 博士生等高层次专业人才，为中国环境保护事业的发展作出了重要贡献。本着多层次多渠道的人才培养方针，除了培养本科生和研究生以外，环境科学与工程系还接收来自国内各单位的继续教育进修人员和访问学者，并且经常举办多种环境保护短期培训班。 1988 年，环境工 程 博士点被评为我国唯一的环境工程重点学科。 2001 年环境工程再次被评为国家重点学科。
在科研方面，环境科学与工程系主要开展水污染治理理论及技术、大气污染与控制工程、环境系统规划与管理、固体和核废弃物处理及处置等领域的研究。建系二十多年来，承担并完成了几十项国家和部委级研究课题 ( 包括国家重点科技攻关项目 ) ，二十多项国家自然科学基金研究课题，近十项国际合作研究课题和近百项国内横向合作研究课题。通过不断研究和协作攻关，取得了一大批高水平的科研成果和实用技术，以及国家发明专利多项，并且多次荣获国家和省部级奖励，整体上显示出雄厚强劲的科研实力，为我国的环境保护事业作出了重要贡献。 1995 年 6 月，清华大学环境系被国家教委和国家环保局授予“全国环境教育先进单位”； 1996 年获“北京市环境保护科技工作先进集体”； 1999 年居清华大学科研综合业绩排名工科类第二位； 2000 年在全国环境科学与工程学科点评定中名列第一； 2002 年 荣获首届“中华环境奖提名奖”。
环境科学与工程系还大力开展不同形式的国际合作与学术交流。迄今已与联合国环境署、联合国发展署、世界银行、亚洲开发银行、哈佛大学、耶鲁大学、斯坦福大学、英国帝国理工学院、荷兰瓦赫宁根大学、德国亚琛工业大学、日本京都大学、法国巴黎矿校等大学和研究机构建立了良好的科研与学术合作关系。除了选派教师出国访问、讲学、进修或出席国际会议外，还积极组织多种国际学术会议，邀请著名学者 和 教授来校讲学。近年来，还积极为研究生和本科生创造条件，使之有机会到美国、英国、德国、瑞典、荷兰、奥地利、法国等国家进行学术考察和交流，促进全系教学和科研的发展。
清华大学环境科学与工程系现有建筑面积 5000 平方米 ，建有环境模拟与水污染控制国家重点实验室，设有亚洲太平洋地区危险废物管理培训与技术转让中心、国家环境保护总局北京水污染控制设备质量监督检验中心、北京市节水技术研究开发培训中心。此外，高效低耗污水资源化技术水处理中试基地正在建设中。这些实验基地可提供优良的试验研究条件与分析测试手段，为教学和科研服务。
2004 年 6 月，举行了由中国科技部和意大利环境与国土资源部合作、由意大利政府出资建设的生态环保型和能源高效率的新型办公楼奠基仪式。新环境楼位于清华大学东南区域，总建筑面积 20268 平方米，该楼建成后将为环境科学与工程系教学、科研和办公、为创建世界一流的环境学科提供更为坚实的硬件基础，并成为清华大学环保节能的教学与培训基地。
